Con respecto a la basura, hasta hace 5 años atrás, los camiones de basura del consejo provincial de Huaraz, vertían todos los desechos directamente al río, gracias al funcionamiento de una planta de tratamiento, este procedimiento ha cesado, pero por encontrarse prácticamente cruzando por medio de la ciudad de Huaraz, el río Quilcay es el lugar donde la mayoría de vendedores ambulantes y vendedores del mercado hechan sus desperdicios, especialmente en los puentes Bolívar y Centenario, tal es el grado de contaminación que las truchas que existían hasta hace pocos años hoy en día no existen.